GPT es una partición propia de sistemas de 64 bits llamada “Partición Protectora GPT”, la cual no funciona en sistemas operativos Windows de 32 bits.

Desde Windows mediante la administración de discos no es posible eliminarla y si se intenta con alguna otra aplicación como Norton Partition Magic, tampoco se podrá, ya que GPT cuenta con una instrucción que evita el borrado accidental de la partición primaria… y por lo mismo es identificada como protectora.

¿Cómo convertir el disco interno o externo desde GPT a NTFS o a FAT32?

Ejecutar el comando cmd desde Inicio -> Ejecutar

Si el sistema no está en C:, puedes retroceder ingresando el comando cd.. hasta llegar a C:

Se usará la utilidad Diskpart, escribiendo “diskpart” en la línea de comando.
Escribe el comando list disk para que el sistema te muestre todos los discos conectados.
Identifica al disco con partición GPT de la lista mediante la capacidad por ejemplo. Los discos instalados los muestra como Disco 0, Disco 1 y así sucesivamente.

Si no estás seguro cuál es la unidad con GPT, hay que ir a la administración de discos haciendo click en el botón derecho sobre el ícono de Mi PC en Administrar, y luego elige Administración de Discos en el árbol de utilidades. Tu disco GPT estará identificado con su partición y NO tendrá una letra de unidad asignada. Allí podrás comprobar el número de la unidad.

Una vez identificado el disco con el número de la unidad (que en este caso y para ejemplificar llamaremos disco 3), en Diskpart escribe entonces “select disk 3” (en inglés, aunque te aparezca “disco 3”, hay que escribir “disk 3”).

Tras elegir el disco, escribe el comando clean (si quieres sólo hacer una conversión) o clean all (si quieres dejar el disco en estado cero).

Con estas instrucciones, toda la configuración y la información del disco quedará inutilizable. Esto incluye datos, tablas de asignación y partición antiguas.

Finalizado el proceso, escribe “exit” para salir de la utilidad Diskpart.

Recomendación: mucho cuidado al momento de llevar a cabo esta operación ya que si no identificas adecuadamente la unidad a reparar, puedes sin quererlo “matar” algún disco duro que está funcionando OK en tu sistema.

Se recomienda hacer esta conversión sólo para discos externos ya que para los internos es posible generar una nueva partición y formato con la utilidad de instalación de arranque del disco de Windows XP.

Fuente: http://todoesdigital.wordpress.com/2009/07/16/tutorial-como-convertir-una-particion-protectora-gpt-a-ntfs-o-fat32/